El Athletic cuenta con un equipo de fútbol femenino, que surge de la unión con el Leioa EFT en 2002. Actualmente juega en la Primera División Femenina de España, donde ha ganado cinco ligas, la última en la temporada 2015-16, camiseta ajax convirtiéndose en el equipo de la categoría con más galardones. En la temporada 2011-12 el equipo terminó en tercera posición de la liga regular con 82 puntos y consiguió el ascenso a Primera División de la mano de Miroslav Đukić tras superar en las eliminatorias al Córdoba C.F.