Bajo el mando de Pellegrini y tras una gran segunda vuelta de campeonato, el Submarino Amarillo logra el tercer puesto de la liga en la temporada 2004-05, solo por detrás del F. C. Barcelona y del Real Madrid, liverpool tienda y con Diego Forlán como Pichichi de la temporada y Juan Román Riquelme como el mejor jugador del equipo. El logo cambia, ya que la temporada pasada aparecía el nombre del patrocinador en la camiseta y, en esta, la garra con la que se identifica a la marca es protagonista.
Luego en semifinales parecía que la ilusión se acababa cuando arrancó perdiendo 3-0 con la Liga de Quito en tierras ecuatorianas, pero a través de Lucas Mareque y Andrés Silvera acabó el encuentro con un 3-2 que en un Estadio Libertadores repleto se encargó de remontar por 2-1, con goles de Facundo Parra y Hernán Fredes. Los brasileños vencieron 2-0 en el Estadio Serra Dourada, lo que desencadenó una emocionante final donde en la vuelta Independiente venció 3-1 con un gol de Julián Velázquez y dos de Facundo Parra, camiseta selección suiza 2022 que los llevó a los penales pasando por un sufrido alargue donde Goiás tuvo un gol anulado por una leve posición adelantada y un tiro en el palo.
